株式譲渡・事業譲渡・会社分割の違い｜債務・従業員・許認可・税金はどう変わる？

3つの方法のしくみ

株式譲渡は、売り手の株主（多くは経営者）が持っている株式を買い手に譲る方法です。会社そのものは変わらず、株主が入れ替わるだけなので、会社の資産・負債、従業員、取引先との契約、許認可は原則としてそのまま続きます。中小M&Aガイドライン（第3版）は、中小企業のM&Aでは株式譲渡か事業譲渡が選ばれることが多いとしています。

事業譲渡は、会社が持つ事業の全部または一部（土地・建物・設備、負債、ノウハウや知的財産など）を買い手に譲る方法です。譲る資産や契約を特定して個別に移すため、一部の事業を手元に残すこともできます。事業の全部を譲る場合などには、株主総会の特別決議（出席した株主の議決権の3分の2以上の賛成）が必要になることがあります。

会社分割は、会社法が定める組織再編の手続きの一つで、事業に関する権利義務の全部または一部を、他の会社や新しく設立する会社にまとめて（包括的に）承継させる方法です。事業を切り出す点では事業譲渡に似ていますが、個別の同意ではなく会社法の手続きによって移す点が異なります。

このほか、売り手の会社の権利義務のすべてを他の会社に引き継がせて売り手の会社が消滅する「合併」や、株式交換などの方法もあります。合併や会社分割は、債権者保護手続を含む会社法上の手続きに時間や費用がかかることがある点に注意が必要とされています。

株式譲渡と事業譲渡の違い

よく比べられる株式譲渡と事業譲渡の違いを並べると、次のようになります。どちらが向くかは、負債の状況、引き継ぎたい範囲、許認可の有無などによって変わります。

借入などの債務と、取引先との契約

株式譲渡では、借入金も取引先への支払いも会社の債務として残り、買い手は会社ごと引き継ぎます。未払残業代のように帳簿に表れない債務や、将来の紛争で生じうる賠償の義務も同じで、そのぶん買い手は詳しいデューデリジェンスを行う傾向があります。取引先との契約は原則として続きますが、株主が替わるときに相手方の同意や協議を求める条項（チェンジ・オブ・コントロール条項）が入った契約には注意が必要です。

事業譲渡では、どの資産・負債を引き継ぐかを契約で決め、債権債務や契約関係を、債権者などの同意を取り付けながら一つずつ切り替えます。買い手にとっては帳簿外の債務を遮断しやすい方法ですが、引き継がれなかった債務は売り手の会社に残り、返済の義務がなくなるわけではありません。

会社分割では、定めた範囲の権利義務がまとめて移ります。債権者が異議を述べられる期間を原則1か月以上設ける「債権者保護手続」などの会社法上の手続きが必要で、会社分割をしたことは登記事項証明書（履歴事項全部証明書）にも記載されます。

従業員の扱い

株式譲渡では、従業員との雇用契約の相手は会社のままなので、雇用はそのまま続きます。事業譲渡で従業員を買い手に移すには、厚生労働省の指針のとおり、移る予定の従業員本人の承諾が必要で、事業譲渡の状況や移籍先の労働条件などを十分に説明することが求められています。

会社分割では「労働契約承継法」にもとづき、会社が従業員や労働組合に労働契約の承継などについて通知し、従業員に異議を申し出る機会を設けることなどが定められています。どの方法でも、従業員への説明の時期と内容は、秘密保持とのバランスを考えて専門家と相談しながら決めることになります。

許認可・不動産などの手続き

株式譲渡では、会社が持つ許認可は原則として存続します。事業譲渡では許認可は買い手に承継されないことが多く、買い手が新たに取得する必要があります。会社分割は、個別の法律によって許認可をそのまま引き継げる場合もあります。業種ごとの扱いは、所管の行政庁や行政書士などに確認しましょう。

事業譲渡で不動産を移す場合は登記が必要で、不動産取得税や登録免許税もかかります。中小企業等経営強化法の「経営力向上計画」の認定を受けて行う事業承継では、登録免許税・不動産取得税の特例や許認可の承継の特例などを受けられる場合があり、税の特例には適用期限があります。

税金の違い（一般論）

株式譲渡では、代金は株主に支払われます。個人の株主の場合、譲渡益（譲渡価額から取得費などを差し引いた額）は他の所得と分けて税額を計算する申告分離課税となり、所得税・復興特別所得税・住民税を合わせて20.315％の税率がかかるとされています。

事業譲渡では代金が会社に入り、会社の法人税などの課税対象になります。建物や設備、営業権などの譲渡には消費税がかかり、土地は非課税のため、国税庁の質疑応答事例では、代金を課税となる資産と非課税の資産に合理的に区分する考え方が示されています。代金を経営者個人の手元に移す際には配当や役員報酬などとして別に課税されるため、役員退職慰労金との組み合わせを検討することもあります。

このほか、株主である経営者個人に所得が生じると、会社の社会保険に加入していない場合は国民健康保険料などにも影響するとガイドラインは注意しています。また、株式譲渡契約書は一般に印紙税の非課税文書ですが、代金を受け取った旨を記載すると課税文書となり、収入印紙が必要になるとされています。

会社分割を含め、どの方法が有利かは会社の状況によって大きく異なります。個別の税額の計算や判断は、税理士や税務署に確認してください。

負債が重いときに気をつけたいこと

債務超過の会社では、収益の見込める事業だけを事業譲渡や会社分割で別の会社に移し、残った会社を特別清算などで整理する「第二会社方式」がとられることがあります。ただし中小企業庁の参考資料は、この方式には売り手の債権者の同意が必要だとしています。

代金が不当に安い事業譲渡などは、債権者（とくに金融機関）から詐害行為取消権（民法424条）を行使されるなどのリスクがあります。会社法にも、残る債権者を害することを知って行われた事業譲渡や会社分割について、債権者が買い手側の会社に承継した財産の価額を限度として支払いを求められる規定（23条の2、759条4項など）や、買い手が売り手の商号を引き続き使う場合に売り手の債務の責任を負うことがある規定（22条）があります。

ガイドラインは、少なくとも破産した場合の価値（清算価値）を相当程度上回る金額での譲渡が求められ、できる限り事前に債権者へ説明を尽くして了承を得ておくことが望ましいとしています。債務の整理を伴う場合は、弁護士や中小企業活性化協議会と進め方を検討しましょう。